はじめに
MacOSに生体高分子ViewerであるPyMOLをインストールしました。
環境（ハード）
iMac 27inch Mid 2011
2.7GHz Core i5
メモリ 8GByte
AMD Radeon HD 6770M 512MB
環境（ソフトウェア）
・PyMOL ver.1.7.7.2
・MacPorts ver.2.3.4-10.11
・XQuartz ver.2.7.8
・MacOS X El Capitan 10.11.1
・MacOS X El Capitan 10.11.2
・MacOS X El Capitan 10.11.3
作業手順1
X11をインストール後、MacOSを再起動、又はログアウトしてログインする。
作業時点では「XQuartz-2.7.8.dmg」が最新。
http://www.xquartz.org/
作業手順2
MacPortsをインストールする。
作業時点では「MacPorts-2.3.4-10.11-ElCapitan.pkg」が最新。
https://www.macports.org/
作業手順3
3-1. 必要なフラグを付けてコンパイルしたTkとTclをインストールする。
sudo port -f uninstall tcl sudo port -f uninstall tk sudo port install tcl -corefoundation
3-2. Xcode を要求するダイアログが表示されるのでインストールする。
3-3. 再度、「tcl」をインストールする。
sudo port install tcl -corefoundation sudo port install tk -quartz
作業手順4
PyMOLをインストールする。
ダウンロードとコンパイルが延々と続く。
当環境では半日以上。
sudo port install pymol
作業手順5
PyMOLの起動テストを行う。
ターミナルから以下のコマンドを打つ。
「&」を付けてバックグランドで動作させると、間違えて終了する事故を防げるかも。
pymol または、 pymol &
作業手順6
ターミナルからPyMOLを起動するのは面倒なので、PyMOLのエイリアスをデスクトップに作成する。
以下の2つの手順のうち、どちらかで作成する。
1. ターミナルでコマンドを打ち、ディレクトリを開いて、pymolのエイリアスをデスクトップに作成する。
open /opt/local/bin/pymol
2. Finderで「移動」→「フォルダへ移動」で「/opt/local/bin」ディレクトリを開いて、pymolのエイリアスをデスクトップに作成する。
参考1
「Open-Source PyMOL」を参照。
http://www.pymolwiki.org/index.php/MAC_Install
参考2
MacPortsにあるPyMOLの説明ページ。
https://www.macports.org/ports.php?by=name&substr=pymol
PyMOLの説明
Comments